Yargıtayın bozma kararının ardından aralarında Orgeneral İlker Başbuğ, CHP Milletvekilleri Mustafa Balbay ve Tuncay Özkan ile İBB eski başkanı Bedrettin Dalan’ın da bulunduğu 274 sanıklı Ergenekon Ana davasının görülmesine başlandı. İstanbul 4’üncü Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen duruşmaya, İlker Başbuğ, Bedrettin Dalan, Mustafa Balbay, Tuncay Özkan, Mehmet Haberal’ın da aralarında bulunduğu bazı sanıklar katılmadı.
Duruşmaya Danıştay Saldırısı faili Alparslan Aslan’ın da aralarında bulunduğu 3 sanık cezaevinden getirilirken, 2 sanığa Sesli ve Görüntülü Bilişim Sistemi(SEGBİS) ile bağlanıldı. Duruşmada 70’i aşkın sanık ve avukatları hazır bulundu.
Mahkeme Başkanı Metin Tamirci, sanıklar ve avukatlarına, Yargıtay’ın verdiği bozma kararına uyulmasını isteyip istemediklerini sordu. Sanık ve sanık avukatlarının çoğu, iddianameyi hazırlayan yargı mensupları ile yargılamayı yapan yargıçların FETÖ üyesi olduğu gerekçesiyle Yargıtay’ın bozma ilamına uyulmasını isterken, ilk yargılamada beraat eden bazı sanıklar, haklarındaki beraat kararının onanmasını talep etti.
Cumhuriyet Savcısı söz alarak, ilk yargılamada beraat eden 21 sanığın dosyasının beraat kararı verilmek üzere ayrılmasına karar verilmesini istedi. Duruşma savcısı, “silahlı terör örgütü yöneticiliği, örgüt üyeliği ve örgüte yardım” ile suçlanan ve aralarında Sedat Peker , Doğu Perinçek ile Yalçın Küçük’ün de bulunduğu 113 sanık hakkındaki dosyanın “Ergenekon silahlı terör örgütünün varlığına kesin ve inandırıcı delilleri ile kanıtlanamadığından örgüt yöneticiliği, üyeliği ve yardımın söz konusu olmayacağı dikkate alınarak” beraat kararı verilmek üzere ayrılmasını talep etti.
Danıştay saldırısı ile Ergenekon dava dosyasının hukuki ve fiili bağlantısının ispat edilemediği gerekçesiyle bu dosyaya yetkisizlik verilmesini isteyen savcı, dosyanın Ankara’ya gönderilmesine, bu dosyadan tutuklu bulunan Alparslan Aslan’ın tutukluluk halinin devamına karar verilmesini istedi.
Savcı, İnternet Andıçları ve İrticayla Eylem Planı çalışmalarının bilgisi dahilinde olduğu iddia edilen Orgeneral İlker Başbuğ ile Dursun Çiçek’in de arasında olduğu 19 sanık hakkındaki dosyanın da ayrılmasını ve yargılamanın durdurulmasını talep etti. 2008-2010 yılları arasında Genelkurmay Başkanı olarak görev yapan Başbuğ ve diğer 18 sanık hakkında yargılama yapılabilmesi için Başbakanlıktan soruşturma izni alınması gerektiği belirtilirken bu sanıkların yargılamasının Yüce Divan’da yapılmasını istedi.