İzmir’de, 27 Mayıs 2016 günü İl Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesi ekiplerince FETÖ/PDY’nin sözde Karşıyaka eyaletine yönelik soruşturma kapsamında operasyon düzenlenmişti. Operasyonda, örgütün okullar ve dershaneler Türkiye sorumlusu olduğu iddia edilen ve aynı zamanda silahlı terör örgütü elebaşı Fethullah Gülen’in yeğeni Mehmet Mezher Gülen’in de aralarında bulunduğu 32 şüpheli gözaltına alınmış, 14’ü ise tutuklanmıştı. İzmir Cumhuriyet Savcısı Ayhan Yılmaz, tutuklu 14 sanık hakkında hazırladığı iddianamede, yeğen Gülen hakkında "silahlı terör örgütü yöneticisi olmak" suçlamasıyla 22,5 yıla kadar, diğer sanıklar hakkında da "silahlı terör örgütü üyesi olmak" suçlamasıyla 15 yıla kadar hapis cezası talep etti. Dava İzmir 13. Ağır Ceza Mahkemesinde görülmeye başlandı. Mahkeme verdiği ara kararla arasında Fethullah Gülen'in yeğeni Mehmet Mezher Gülen, Mehmet Daşönü ve Ersin Topuz'un doyasını 'Karşıyaka eyalet yapılanması' dosyasından çıkararak ayrı görülmesine karar verdi.
Savcı örgüt yöneticiliğinden cezalandırılmalarını talep etti Dosya ayrıldıktan sonra İzmir 13. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen ilk duruşmaya tutuklu sanıklar Mehmet Mezher Gülen, Mehmet Daşönü, Ersin Topuz ve sanık avukatları katıldı. Mahkeme başkanı, sanık Mehmet Daşönü'nün İzmir 2. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen bir başka dosyasının da bu dosya ile birleştiğini, birleşen dosyada sanık Daşönü'nün 'Foça sorumlusu' olduğu ve ByLock kullandığının iddia edildiğini söyledi. KHK ile ihraç edilen eski sorumlu sanık Mehmet Daşönü, kendisinin yıllardır Foça'da resmi din görevlisi olduğunu, yaptıkları bütün programların resmi makamlarca bilinen dini programlar olduğunu ve FETÖ'nün de din ile uğraştığı için gittiği bütün din görevlerinin FETÖ ile bağdaştırıldığını ileri sürdü. Örgüt ile bağlantısının olmadığını iddia eden sanık Daşönü, ByLock kullanmadığını ifade etti. Diğer sanık Ersin Topuz da örgüt ile bağlantısının olmadığını, toplantılarına katılmadığını, ByLock indirmediğini ve kullanmadığını söyledi. Fethullah Gülen'in yeğeni sanık Mehmet Mezher Gülen ise örgüt yöneticisi olduğuna dair net bir kanıtın olmadığını ve gizli bir tanığın verdiği ifade ile yargılandığını söyleyerek, dosyanın ayrılmasından sonra beraat edeceğini düşündüğünü ve hakkındaki iddiaların somut olmadığını ileri sürdü. Duruşma savcısı verdiği mütalaasında; sanıklar hakkındaki tanık beyanları, ByLock yazışmaları, Bank Asya'ya talimattan sonra para yatırmaları ve toplanan delillerin değerlendirilmesinden sonra 3 sanığın da "terör örgütü yöneticiliği" suçundan 15 yıldan 22,5 yıla kadar cezalandırılmasını talep etti. Sanık ve sanık avukatları esas hakkında savunma yapmak için tanıkların ve dinlenmesini talep etti. Mahkeme heyeti, kısa bir aradan sonra dinlenmeyen tanıkların dinlenmesine karar verip duruşmayı ileri bir tarihe erteledi.