2016 yılında görevi sona eren erecek olan Jahjaga, Cumhurbaşkanı sıfatıyla Kosova Meclisi’nde son yıllık konuşmasını yaptı. Milletvekillerine hitap eden Atifete Jahjaga, “Şahsi anlaşmazlıklarınızı bir tarafa bırakın, çünkü Kosova daha önemli” dedi. Yıllık konuşmasında Cumhurbaşkanı Jahjaga, ülkenin kritik bir dönemden geçtiğini belirterek, şiddetin siyasi bir araç olarak kullanılmaması gereğine vurgu yaptı. “Büyük fedakarlıklarla kurulan bu Meclis, şiddete ve görülmemiş bir küstahlığa sahne oldu. Halk tarafından seçilmiş Milletvekillerinin halkı zor duruma düşürmesi doğru değil” diyen Cumhurbaşkanı, siyasi çıkarların birlik için kullanılması ve diyalog yolunun seçilmesini talep ederek, “Kosova her şeyden önemlidir” dedi. Cumhurbaşkanı konuşmasına şöyle devam etti: “Sırp Belediyeler Birliği ve Karadağ ile Sınırların Belirlenmesi Anlaşmaları çerçevesinde yaşananları kaygıyla izledim. Ancak, kurumların bölünmezliği için her zaman birleştirici bir rol oynamaya çalıştım. Her daim iktidar ve muhalefete diyalog çağrısında bulundum. Ayrıca Sırp Belediyeler Birliği Anlaşması’nı Anayasa Mahkemesi’ne taşıdım. Karadağ ile Sınır Çizgilerinin Belirlenmesi Anlaşması için de bağımsız bir komisyonun kurulmasını önerdim. Çünkü Kosova, hepimizden daha önemlidir. Halkımız son yaşananları haketmedi. Oluşturduğumuz kurumlara güvenmeliyiz. İnanıyorum ki tarafımdan sunulan bu seçenekler orta yolun bulunması için nemli ve en iyi çözüm olacaktır”
Priştine ve Belgrad arasındaki müzakere sürecine de değinen Cumhurbaşkanı, daha fazla hesap verilmesine ihtiyaç olduğunu söyledi. İstikrar ve Ortalık Anlaşması ile Vize Muafiyeti süreçlerini hakkında ise Cumhurbaşkanı Jahjaga, “İnanıyorum ki Kosova kendi sorumluluklarını yerine getirdi. Şimdi sıra AB’de. AB yolunda ilerlemeye devam edeceğiz. Kosova, AB yolunda önemli adımlardan biri olan Sırbistan ile ilişkilerin düzeltilmesi için de müzakere süreci devam edecektir” ifadelerini kullandı.
Yaklaşık son 3 ay içinde meclis genel kurul toplantılarını engellemek için göz yaşartıcı gaz atan muhalefet milletvekilleri buy sefer Cumhurbaşkanını boykot ederek, Cumhurbaşkanının konuşması sırasında salonda yer almadı.